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ANOVA得到一个两点决策，但并未知道差异存在在哪些组之间。这时我们需要进行事后检验，这使得我们能够比较各个组，找到差异存在在哪些组之间。事后检验就是比较每一个处理组和另一个处理组，一次比较两个，称为成对比较。

重复测量方差HSD值的计算和单因素方差分析的HSD值计算有所不同。

重复测量方差HSD值的计算如下：

公式中用误差的和方，自由度，均方代替原来分母项的组内和方，自由度，均方。 其中q值可以从表中查出，需要用到K（处理数），df_误差以及显著性水平α。

得到HSD值之后，将样本两两均值之差与HSD值作比较，大于HSD值则认为这两组之间有显著差异。