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二因素方差分析的假设有三：

（1）因素A的主效应：虚无假设为H₀: μ_A1=μ_A2=…

（2）因素B的主效应：虚无假设为H₀: μ_B1=μ_B2=…

（3）因素A和因素B的交互作用:交互作用的虚无假设通常用文字来表示，即因素A(B)对因变量的影响不因因素B(A)的变化而变化。

（1）自由度的计算

（2）根据公式计算所需的统计量

（3）确定显著性水平α

（4）确定临界F值

这里临界F值有三个，分别是F_critA、F_critB、F_critA×B。

（1）根据前面算出的各个值作出如下所示的方差分析表：

（2）画出交互作用图

根据算出的各个F值与相应F临界值的比较结果决定是否接受虚无假设。 注意当因素之间的交互效应显著时要进行简单主效应分析，即确定一个因素水平，对另一因素的不同水平作单因素ANOVA。